Këshilli Ndërfetar i Shqipërisë u themelua më 22 tetor 2007 nga katër krerët e komuniteteve tradicionale fetare në Shqipëri, H. Selim Muça, Fortlumturia e tij Anastas Janullatos, Mons. Rrok Mirdita dhe H. Dede Reshat Bardhi.
Ceremonia e themelimit të KNFSH-së u zhvillua në prani të Presidentit të atëhershëm të Republikës Prof. Dr. Bamir Topi, i cili tha se, “Ai (KNFSH) institucionalizon tolerancën fetare në Shqipëri. Kjo është vlera jonë e përbashkët dhe ky është virtyti ynë i rrallë, të cilin jo vetëm do ta eksportojmë kudo që të mundemi, por do ta ndajmë me shumë dëshirë me vendet dhe popujt e tjerë anembanë globit. Prandaj edhe jam sot këtu, jo vetëm për të kremtuar hapjen e një Këshilli kaq të nevojshëm e të dobishëm për mbarëvajtjen e marrëdhënieve ndërfetare në vendin tonë, por edhe për t’ju siguruar rreth mbështetjes së palëkundur personale e institucionale gjatë ndërmarrjes suaj kaq të vlefshme e të rëndësishme në shërbim te paqes, mirësisë, bashkëjetesës dhe tolerancës ndërfetare”.
Këshilli ka si mision promovimin e dialogut ndërfetar, nëpërmjet projekteve dhe aktiviteteve të përbashkëta.
Ai funksionon si një institucion, që koordinon bashkëpunimin mes klerikëve në shërbim të bashkëjetesës mes tyre.
Shqipëria përbën një rast unik, si një vend multifetar ku respektohet besimi dhe marrëdhëniet mes komuniteteve janë bashkëpunuese. Këtë konstatim e bëjnë jo vetëm shqiptarët, por dhe mjaft ekspertë dhe studiues të huaj të kësaj fushe.